Proces beatyfikacyjny Piusa XII przyczynił się do zaostrzenia dyskusji, ale nie poprawy jej jakości. Dlatego zadaniem historyków, co podkreślał organizator sesji „Papież Pius XII (1939–1958) – polityka i historiografia” doc. Marek Kornat, jest przede wszystkim badanie źródeł, zwłaszcza że w ostatnim czasie otworzyły się w tym względzie nowe możliwości. Dyskusja w Instytucie Historii PAN w Warszawie koncentrowała się wokół 3 zagadnień: roli Stolicy Apostolskiej w polityce międzynarodowej w latach 1930–1958, sporów historiografii na temat pontyfikatu Piusa XII oraz związków Piusa XII z Polską.

Czarna legenda i fakty
Napisanie czegoś nowego o pontyfikacie Piusa XII jest bardzo trudne, gdyż powstały na jego temat tysiące dzieł, tworzących zarówno „białą”, jak i „czarną” legendę tego papieża, jak opisał ks. prof. Zygmunt Zieliński. Podkreślił, że to nie środowiska żydowskie były najbardziej aktywne w atakach na Piusa XII. W tym kontekście wskazał na rolę, jaką w utrwaleniu czarnej legendy Ojca Świętego miała opublikowana w 1963 r. sztuka Rudolfa Hochhutha „Namiestnik”. Dzisiaj wiadomo, że powstała ona na podstawie sfałszowanych dokumentów, dostarczonych niemieckiemu autorowi przez agentów KGB. Zapoczątkowała, podchwycony głównie w USA, atak na Piusa XII, koncentrujący się wokół zarzutu, że milczał on wobec zagłady Żydów. Później publikacje źródłowe udowadniały nieprawdziwość tej tezy i wskazywały na wielkie zasługi papieża dla ratowania Żydów.

Ale oskarżenie wracało w kolejnych opracowaniach, które – jak stwierdzał ks. prof. Zieliński – mają wprawdzie niewielką wartość historyczną, ale niosą proste, oskarżające przesłanie, utrwalające w opinii publicznej negatywny stereotyp tego pontyfikatu. Niezwykle wymownie w tym kontekście zabrzmiał głos prof. Zofii Waszkiewicz z Torunia, która spróbowała dokonać bilansu, jak wobec zagłady Żydów zachowywały się zachodnie demokracje, a jak Stolica Apostolska. Na podstawie konkretnych faktów pokazała praktycznie całkowitą obojętność Zachodu, a zwłaszcza Stanów Zjednoczonych, wobec tragedii europejskich Żydów, którym nie tylko nie pomagano, ale także odmawiano przyjmowania i nadawania obywatelstwa, gdy udawało się im umknąć z rąk niemieckich oprawców. W tym kontekście dokonania dyplomacji Stolicy Apostolskiej i samego papieża były olbrzymie, co przyczyniło się do ocalenia dziesiątków tysięcy Żydów, zwłaszcza we Włoszech.