Kolejny raz Jan Paweł II odwiedza Słowację, jedno z najmłodszych państw w
Europie Środkowej, a zarazem naród szczególnie nam bliski przez swój język,
historię, a zwłaszcza wiarę. Słowacy przez cały dwudziesty wiek próbowali
znaleźć dla siebie miejsce w ramach obcych struktur państwowych.
Wobec komunistycznej przemocy
Komuniści słowaccy, którzy początkowo spodziewali się, że dzięki pomocy Stalina zdołają utrzymać suwerenność Słowacji, rychło zostali zmuszeni do zaaprobowania idei wspólnego państwa z Czechami. Jednak państwo komunistyczne w jeszcze mniejszym stopniu niż Republika w okresie międzywojennym respektowała autonomię Słowacji. Wkrótce rozpoczęły się prześladowania Kościoła.
We wrześniu 1950 r. w Spiskiej Kapitule aresztowano bpa Jána Vojtaššáka. W 1951 r. odbył się jego proces – został skazany na karę 24 lat więzienia. Opuścił je dopiero w 1965 r. (miał wtedy 79 lat). Pozwolono mu zamieszkać w domu starców w Czechach.
Inny słowacki biskup, Michal Buzalka, administrator apostolski diecezji Trnava, został aresztowany w 1951 r. i skazany na karę ponad 20 lat więzienia, która została mu darowana w 1956 r. 71-letni biskup został zwolniony z więzienia i umieszczony w domu starców, gdzie przebywał aż do śmierci. W 1954 r. internowany został bp Eduard Nécsey z Nitry oraz Róbert Pobožny z Rožnavy. Dramatyczne były losy zgromadzeń zakonnych.
W nocy z 14 na 15 kwietnia 1950 r. wszystkie klasztory męskie na Słowacji zostały zajęte przez oddziały wojska, milicji i jednostki tajnej policji. Była to „Akcja K” przeprowadzona przez organy bezpieczeństwa. W jej wyniku deportowano kilka tysięcy zakonników i braci zakonnych, a wszystkie dobra klasztorne skonfiskowano. Później podobnie potraktowano żeńskie zgromadzenia zakonne.
Podobne okoliczności towarzyszyły likwidacji Kościoła greckokatolickiego na Słowacji. 28 kwietnia 1950 r. 300- tysięczną rzeszę wiernych tego Kościoła w ramach „Akcji P”, zrealizowanej przy użyciu wojska, milicji oraz bezpieki, przyłączono do 30-tysięcznej wspólnoty prawosławnej. Dwaj biskupi Pavol Gojdič i Vasil Hopko, podobnie jak wielu księży unickich, zostali aresztowani, a następnie po pokazowych procesach skazani na wieloletnie kary więzienia. W 1960 roku w więzieniu zmarł bp Pavol Gojdič. Pozostali tylko formalnie uznali akt inkorporacji do czeskiej Cerkwi prawosławnej.