Po przybyciu na lotnisko w Balicach Jan Paweł II modlił się w kaplicy portu lotniczego noszącego jego imię. Następnie przywitał się z kierownictwem portu oraz kolejno ze wszystkimi obecnymi pracownikami krakowskiego lotniska. Po wyjściu z budynku dworca przeszedł na miejsce pożegnalnej ceremonii
Czekali tam na niego prezydent i premier, biskupi polscy oraz tysiące wiernych. Kiedy prezydent A. Kwaśniewski dziękował Papieżowi za wizytę w Polsce, obecny na lotnisku tłum zaczął skandować: „Bóg zapłać! Bóg zapłać!”.
Następnie przemawiał Prymas Polski kard. Józef Glemp, który stwierdził, że w czasie pielgrzymki Polska odsłoniła swoje pełne oblicze kraju współpracy i wzajemnego zrozumienia, dobrego współistnienia Kościoła i państwa. „Był to jakby specjalny konkordat podpisany faktami i ratyfikowany życiem" - zaznaczył.
Przemawiając na krakowskim lotnisku, Jan Paweł II wyraził nadzieję, iż „Polacy znajdą w sobie dość mądrości i wytrwałości w budowaniu Polski sprawiedliwej, która gwarantuje godne życie wszystkim swym obywatelom oraz że pozostaną wierni swoim chrześcijańskim korzeniom. Poprosił też rodaków o modlitwę w intencji pełnionej przez niego misji. „Widziałem zachodzące w mojej Ojczyźnie zmiany. Podziwiałem przedsiębiorczość moich Rodaków, ich twórczą inicjatywę i wolę pracy dla dobra Ojczyzny. Tego wszystkiego z całego serca wam gratuluję!" - powiedział Ojciec Święty. Jednocześnie zauważył, że jest też wiele problemów, które domagają się rozwiązania. , Jestem przekonany - dodał - iż Polacy znajdą w sobie dość mądrości i wytrwałości w budowaniu Polski sprawiedliwej, która gwarantuje godne życie wszystkim swym obywatelom, Polski, która umie się jednoczyć wokół wspólnych celów i wartości podstawowych dla każde go człowieka".
Jan Paweł II odleciał samolotem Polskich Linii Lotniczych LOT. Papieski samolot wzbił się w powietrze o godz. 19.43. Po około 2 godzinach Ojciec Świety wylądował w Ciampino, skąd helikopterem udał się do Watykanu.
Nadszedł czas, by Kościół zbudował duszpasterstwo życia ludzkiego.
Współcześnie zamachy na życie tracą charakter przestępstwa i zyskują status prawa.
Zapobieganie nadużyciom nie jest kocem, którym należy przykryć sytuacje kryzysowe.
W najtrudniejszym momencie widział łzy w oczach osób, które były wtedy przy papieżu.