Program beatyfikacji o. Papczyńskiego

Co za wspaniała wolność, by nie rzec wprost – samowola”. Krytycznie odnosząc się do liberum veto, z bólem i niejako profetycznie, zauważa: „Któż uwierzy, że właściwe polskiej wolności jest to, że gdy Rzeczpospolita uważa się za najbardziej wolną, wtedy popada w największą niewolę”. Te fragmenty jednak w kolejnym wydaniu zostają usunięte na skutek silnej reakcji szlachty, o czym sam autor wspomina w następnym wydaniu podręcznika.
Dziś patrząc z perspektywy historii, wydaje się, że jego poglądy pozostały bez większego wpływu na bieg wydarzeń. Z pewnością także i o. Stanisław musiał mieć to samo wrażenie, ponieważ przyjmując z uległością ocenzurowanie książki, wraz z upływem czasu bardziej zwraca się ku sprawom duchowym, a modlitwą i ofiarą próbuje u Boga wybłagać to, o co wcześniej zabiegał działalnością pisarską. Podejmuje postanowienie, że wszystkie trudności i cierpienia, „i samą nawet śmierć, jeśliby się zdarzyła”, ofiarowuje Bogu za swoje grzechy i „jedynie z miłości ku Niemu” oraz „dla odwrócenia klęsk od mojej Ojczyzny” (Protestatio Romam abeuntis, 1667). Publicznie jeszcze raz, z nadzieją na poprawę losów Rzeczypospolitej, zabrał głos w 1669 r. po wyborze na króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego, w którym – jako monarsze „Piaście”, a nie obcym kandydatem – pokładano w kraju spore nadzieje. W imieniu pijarów napisał wówczas na jego cześć panegiryk (Panegyricus Augustissimo Principi Michaeli Korybuth), wydany drukiem w 1669 r.
Już od 1663 r. stał się sławny w Warszawie nie tylko jako profesor retoryki i wychowawca studentów, lecz także jako mistrz życia duchowego: kaznodzieja oraz spowiednik. Niektóre kazania wydał drukiem, m.in. Doctor Angelicus (1664), poświęcone św. Tomaszowi z Akwinu, Orator crucifixus (1670) w formie rozważań ostatnich siedmiu słów Chrystusa. Do jego penitentów należał m.in. nuncjusz apostolski Antoni Pignatelli, późniejszy papież Innocenty XII, oraz, zdaniem wielu historyków, senator Jan Sobieski, późniejszy król. Ojciec Stanisław był również niestrudzonym krzewicielem kultu Najświętszej Maryi Panny, przyczyniając się do rozszerzenia w Warszawie w kościele pijarów bractwa ku Jej czci.
Pomimo licznych i odpowiedzialnych zajęć związanych z nauczaniem i duszpasterstwem był bardzo oddany życiu zakonnemu swego instytutu. Jego szczere dążenie do ewangelicznej świętości, poglądy, wierność modlitwie, asceza i sposób postępowania spotkały się z uznaniem znacznej części współbraci. W zakonie powierzano mu zadania: prefekta kolegium, troskę o zbieranie listów postulacyjnych w sprawie beatyfikacji Józefa Kalasantego, został wybrany jako delegat na kapitułę prowincjalną. Równocześnie jednak narastały kontrowersje. Ojciec Stanisław przejęty duchem założyciela, gorliwie bronił pierwotnej obserwancji Zakonu Szkół Pobożnych oraz prawa wyboru przełożonych prowincjalnych w prowincji. Razem z niektórymi współbraćmi dążącymi do tego samego celu, stanowczo i nieustępliwie występował przeciwko osobom, które skłaniały się do laksyzmu. Jednak ze strony innych współbraci zaczęły pojawiać się oskarżenia o wichrzycielstwo i bunt. Ten okres o. Papczyński nazywa „długotrwałym męczeństwem” (Testament II, 1701). Siły i oparcia szuka w krzyżu Chrystusa. Z tych doświadczeń zrodziła się książka Christus patiens (wydana w 1690), rozważania o męce Pańskiej na podstawie odpowiednich fragmentów Ewangelii. W końcu powodowany prawdziwą miłością, pragnąc przywrócenia spokoju w prowincji podzielonej z powodu powstałych kontrowersji, poprosił w 1669 r. o pozwolenie na odejście z Zakonu Szkół Pobożnych, i otrzymał je dnia 11 grudnia 1670 r. na podstawie breve apostolskiego Cum felicis recordationis. Rok później, w celu wyjaśnienia powstałych nieporozumień i kontrowersji spowodowanych opuszczeniem pijarów, pisze Apologia pro egressu e Scholis Piis.

Zakonodawca marianów

W trakcie przyjmowania indultu odejścia, w rezydencji pijarskiej w Kazimierzu pod Krakowem, o. Stanisław niespodziewanie wobec wszystkich zgromadzonych osób odczytał Oblatio, to jest przygotowany wcześniej akt całkowitego oddania się Trójjedynemu Bogu i Bogarodzicy Maryi Niepokalanej oraz ogłosił zamiar założenia „Towarzystwa Księży Marianów Niepokalanego Poczęcia”. Jednocześnie wyznał wiarę w Niepokalane Poczęcie i złożył tzw. „ślub krwi”, tj. gotowość obrony tej prawdy aż do oddania życia. W planach Opatrzności Bożej zakon pijarów był dla o. Stanisława szkołą życia zakonnego, miejscem przygotowania do wejścia w nowe powołanie. Później wyznał, że akt Oblatio uczynił z natchnienia Bożego i że „Boską wizję” nowego zakonu „wyrytą w [jego] duszy (...) ukształtował Duch Boski” (Fundatio Domus Recollectionis, 1675). Zaraz też po opuszczeniu pijarów rozpoczął poszukiwania sposobów realizacji tych zamierzeń, i z tego powodu nie przyjął zaproszeń kilku zakonów, które chciały go przyjąć do swoich wspólnot, oraz odrzucił proponowane mu przez niektórych biskupów beneficja.