W kontekście tego wydarzeniu słowa Metropolity krakowskiego z powitania w dniu poprzednim na krakowskich Balicach o spełnieniu się tego co wydawało się niewyobrażalne, nabierają dodatkowego znaczenia. Nowy kościół, którego makietę podczas poprzedniego tu pobytu w czerwcu 1997 roku Jan Paweł II oglądał oraz pobłogosławił kamień węgielny wzięty z Golgoty pod jego budową, aktem poświęcenia został włączony do kultu liturgicznego. Popłynęło też w świat najważniejsze dotąd papieskie przesłanie o Bogu bogatym w miłosierdzie.

"Oczy świata skierowane są dziś na krakowskie Łagiewniki" - mówił ks. prof. Jan Machniak, wykładowca w PAT, autor wielu publikacji z zakresu duchowości chrześcijańskiej, w tym m.in. o św. s. Faustynie oraz kulcie Bożego miłosierdzia, który przewodniczył modlitwie zgromadzonych w tym dniu w sanktuarium. Przybyli tu na dlugo przed przybyciem Ojca Świętego, a potem śpiewem, gorącymi oklaskami i skandowanymi zapewnieniami go o swojej miłości, witali wjeżdżającego na platformie do świątyni.

Podobnie jak na lotnisku, znów zabrzmiały echa poprzednich pielgrzymek. Nie tylko w słowach intonowanych śpiewów: "Kraków wita Cię, Kraków dziękuje Ci, jesteś wśród nas. Polska wita Cię, Polska dziękuje Ci, jesteś wśród nas", jak wówczas, kiedy zabrakło Papieża na krakowskich Błoniach. Przede wszystkim zaś w jeszcze głębszym odwołaniu się do posłannictwa św. s. Faustyny, zawierzając świat Bożemu miłosierdziu. "Trzeba - mówił w homili Ojciec Święty - aby wołanie o Boże miłosierdzie płynęło z głębi ludzkich serc, pełnych cierpienia, niepokoju i zwątpienia, poszukujących niezawodnego źródła nadziei. Dlatego przychodzimy dziś tu, do łagiewnickiego sanktuarium, aby na nowo odkrywać w Chrystusie oblicze Ojca, który jest »Ojcem miłosierdzia oraz Bogiem wszelkiej pociechy«" (por. 2 Kor 1, 3).

Ojciec Święty wyraził też przekonanie, że Łagiewniki, do których przybył aby poświęcić nowy kościół jest miejscem szczególnym, "które Bóg obrał sobie, aby tu wylewać łaskę swego miłosierdzia". Świat potrzebuje Bożego miłosierdzia. "Na wszystkich kontynentach z głębin ludzkiego cierpienia zdaje się wznosić wołanie o miłosierdzie. Tam, gdzie panuje nienawiść i chęć odwetu, gdzie wojna przynosi ból i śmierć niewinnych, potrzeba łaski miłosierdzia, które koi ludzkie umysły i serca, i rodzi pokój. Gdzie brak szacunku dla życia i godności człowieka, potrzeba miłosiernej miłości Boga, w której świetle odsłania się niewypowiedziana wartość każdego ludzkiego istnienia. Potrzeba miłosierdzia, aby wszelka niesprawiedliwość na świecie znalazła kres w blasku prawdy".

Uroczysty akt zawierzenia świata przez Ojca Świętego Bożemu miłosierdziu dyktowany jest "gorącym pragnieniem, aby orędzie o miłosiernej miłości Boga, które tu zostało ogłoszone przez pośrednictwo św. Faustyny, dotarło do wszystkich mieszkańców ziemi i napełniało ich serca nadzieją. Niech to przesłanie rozchodzi się z tego miejsca na całą naszą umiłowaną Ojczyznę i na cały świat. Niech się spełnia zobowiązująca obietnica Pana Jezusa, że stąd ma wyjść »iskra, która przygotuje świat na ostateczne Jego przyjście« (por. Dzienniczek, 1732).

Trzeba tę iskrę Bożej łaski rozniecać. Trzeba przekazywać światu ogień miłosierdzia. W miłosierdziu Boga świat znajdzie pokój, a człowiek szczęście! To zadanie powierzam wam, drodzy bracia i siostry, Kościołowi w Krakowie i w Polsce oraz wszystkim czcicielom Bożego miłosierdzia, którzy tu przybywać będą z Polski i z całego świata. Bądźcie świadkami miłosierdzia!"

Mszę św. sprawowało z Papieżem 12 kardynałów i biskupów (kard. Franciszek Macharski, kard. Józef Glemp, kard. Henryk Gulbinowicz, kard. Zenon Grocholewski, kard. Marian Jaworski, kard. Kazimierz Świątek, kard. Juozas Bačkis, kard. Angelo Sodano, kard. Joachim Meissner, abp Władysław Ziółek, bp Stanisław Ziółek, bp Stanisław Ryłko) oraz kapłani w szczególny sposób związani z łagiewnickim sanktuarium. Zostali oni włączeni w obrzęd konsekracji.

Po namaszczeniu przez Papieża ołtarza głównego, filary potrzymujące konstrukcję świątyni namaszczali kardynałowie miejsc związanych ze św. s. Faustyną: Franciszek Macharski i Józef Glemp, Juozas Bačkis i Kazimierz Świątek. W obrzędzie okadzenia uczestniczył Metropolita krakowski oraz ks. prałat Paweł Ptasznik i ks. prałat Marian Rapacz, przezes Zarządu Fundacji Bożego Miłosierdzia, zajmującej się rozbudową łagiewnickiego sanktuarium. Pracownicy Fundacji wraz z ofiarodawcami, przedstawiciele instytucji zangażowanymych w różne dzieła oraz osoby, którym dzieła te są niezbędne czyli niepełnosprawni na wózkach stanowili część ok. 4 tys. osób zebranych wewnątrz świątyni. Drugie tyle zebranych uczestniczyło na zewnątrz przy dużych telebimach.

Dopiero po poświęceniu siostry ze Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia, służące na co dzień w łagiewnickim sanktuarium, przystroiły kwiatami ołtarz w nowo poświęconym kościele, przy którym sprawowana była Najświętsza Ofiara. Papież korzystał w czasie jej trwania z ofiarowanego przez siebie kielicha.

Świątynia w Łagiewnikach zaprojektowana została przez znanego krakowskiego architekta prof. Witolda Cęckiewicza, który ofiarował Ojcu Świętemu symboliczyn klucz do Sanktuarium. Wśród darów znalazły się m.in. relikiwarz św. Siostry Faustyny, księga modlitw w Godzinie Miłosierdzia, pozłacana kopia pierwszej kielni, użytej przy budowie świątyni oraz księga ofiarodawców, zawierającą ok. 42 tys. nazwisk osób wspierających to dzieło.

Ojciec Święty serdecznie dziękował wszystkim, którzy przyczynili się do powstania tej świątyni. Zaś całą troskę o materialny, a szczególnie duchowy kształt rozbudowywanego sanktuarium powierzył w krótkim wystąpieniu na zakończenie uroczystości w Łagiewnikach kard. Franciszkowi Macharskiemu, archidiecezji krakowskiej oraz Zgromadzeniu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia.

"Jestem szczęśliwy - mówił po zakończeniu uroczystości ks. prałat Marian Rapacz, prezes Zarządu Fundacji Sanktuarium Bożego Miłosierdzia - że Ojciec Święty przemawiając na zakończenie Mszy św. nazwał tę świątynię bazyliką".