W sercu Katedry spoczywają doczesne szczątki patrona Polski św. Stanisława. W podziemiach znajdują się groby wielu królów i narodowych bohaterów. Tu, w Katedrze na Wawelu, pochowani są między innymi Tadeusz Kościuszko, Józef Poniatowski, a także duchowi przywódcy – poeci Adam Mickiewicz i Juliusz Słowacki. W tej świątyni zawarta jest historia Polski, która przemawia do nas ogromną ilością narodowych pamiątek. W tej najważniejszej dla Polaków świątyni, w Katedrze na Wawelu, Ojciec Święty gościł za każdym pobytem w Krakowie.

W czasie pielgrzymki w roku 1979 był tam dwa razy. Najpierw 6 czerwca, zaraz po przylocie do Krakowa, spotkał się w godzinach wieczornych z duchowieństwem archidiecezji krakowskiej. Po raz drugi stanął w Katedrze 8 czerwca, przybywając na zakończenie Synodu Archidiecezji Krakowskiej.

W programie drugiej pielgrzymki do Ojczyzny w roku 1983 znalazł się również, 22 czerwca, pobyt Papieża w Katedrze na Wawelu. Tym razem było to związane z zakończeniem pierwszego Synodu Prowincjalnego Metropolii Krakowskiej, obejmującej wówczas poza archidiecezją krakowską diecezje częstochowską, katowicką, kielecką i tarnowską.

10 czerwca 1987 Jan Paweł II odprawił Mszę św. w Katedrze przy krzyżu wawelskim. Było to połączone z uroczystą translacją relikwii błogosławionej (wówczas) Jadwigi z grobowca do ołtarza, czyli na miejsce należne świętym i błogosławionym. 9 czerwca 1997 roku wizyta Jana Pawła II w Katedrze Wawelskiej miała charakter kameralny i prywatny. W godzinach porannych odprawił on w Krypcie św. Leonarda Mszę św. z okazji złotego jubileuszu swego kapłaństwa. Właśnie w tym miejscu neoprezbiter Karol Wojtyła odprawił swoją Mszę prymicyjną 2 listopada 1946 r.

Ostatni raz Ojciec Święty gościł w Katedrze na Wawelu 17 czerwca 1999 r. Parę minut przed godziną 8.00 rozpoczęła się z udziałem około 1 tys. osób Msza św. przy konfesji św. Stanisława. Brali w niej udział między innymi zaproszeni przyjaciele i koledzy Papieża z lat szkolnych i studenckich, wraz z rodzinami, a także alumni seminarium duchownego w Krakowie, do których Ojciec Święty zwrócił się ze szczególnie gorącym pozdrowieniem.

17 sierpnia, w czasie tegorocznej pielgrzymki, Jan Paweł II nawiedzi kolejny raz tę najczcigodniejszą świątynię w Polsce.