Prowadziło to niekiedy do gwałtownych sporów, ponieważ poszczególne ugrupowania starały się przeprowadzić na siłę swoje teologiczne koncepcje (diakoni podczas wyboru antypapieża Eulaliusza, przedstawiciele innej doktryny podczas wyboru antypapieża Hipolita). W tej sytuacji ingerowała władza państwowa, zainteresowana jednością Kościoła jako fundamentem jedności w państwie. Spory teologiczne i rozmaite herezje (np. arianizm, monofizytyzm) oddziaływały niekorzystnie na wybór papieża: cesarze starali się przeprowadzić wybór sobie przychylnych kandydatów (co czasem było równoznaczne z przychylnością wobec konkretnej herezji).

Papież Damazy I w 378 r. na synodzie w Rzymie uzyskał zgodę cesarza Gracjana na podjęcie uchwały, która postulowała wolny wybór papieża. Mimo to nie ustał wpływ cesarza na wybór papieża, co wynikało choćby już z tego, że cesarz domagał się prawa zatwierdzenia wyboru.

Tak więc u podstaw wszelkich deklaracji w sprawie wyboru papieża figuruje również edykt cesarski: cesarz Honoriusz wydał w 420 zarządzenie, iż w przyszłości w wypadku spornego wyboru papieża na tronie biskupim nie może zasiąść żaden z dwu wysuniętych kandydatów i że natychmiast powinny się odbyć nowe wybory.

Decyzję w tym samym duchu podjął synod rzymski l marca 499 za pontyfikatu Symmacha: w razie spornego wyboru trzeba najpierw, zanim jeden z dwu kandydatów zostanie papieżem, osiągnąć jednomyślność. Jest to pierwszy papieski edykt w sprawie wyboru papieża. Na podstawie uchwały synodu rzymskiego z 607 za Bonifacego II nie wolno było za życia papieża pertraktować w sprawie następcy: wybór nowego biskupa Rzymu, który musi się odbyć w trzy dni po pogrzebie dotychczasowego, ma być wyborem całkowicie wolnym.

Nową ordynację wyborczą ogłosił na synodzie rzymskim w kwietniu 769 Stefan III: aktywne prawo wyborcze posiadają wyłącznie duchowni, bierne zaś przysługuje kardynałom-prezbiterom i kardynałom-diakonom.

Aż po wczesne średniowiecze cesarz Bizancjum domagał się od papieża-elekta, aby powiadamiał go o wyborze i prosił o zatwierdzenie. Toteż trzymano się tego do czasu, kiedy to cesarze wschodniorzymscy praktycznie przestali się interesować biskupami Rzymu, tzn. kiedy już nie chcieli lub nie mogli wypełniać swych ochronnych zobowiązań. Po zwróceniu się papieży ku Frankom cesarz niemiecki Lotar I potwierdził wolny wybór papieża przez rzymian, lecz zobowiązywał wybranych, aby jeszcze przed konsekracją przysięgali mu wierność, co zresztą Eugeniusz II (824-827) uczynił.

Ten sam cesarz Lotar I, żeby wykluczyć możliwość wyboru dwu papieży, zarządził za pontyfikatu Sergiusza II (844-847), że konsekracja papieża może się odbywać tylko za zgodą cesarza i w obecności jego posłów.

Regulamin wyboru papieża zreformował synod za Jana IX (898-900): biskup i duchowieństwo mieli wybierać papieża za zgodą ludu, a jego konsekracja mogła się odbyć tylko w obecności wysłanników cesarskich. W tym samym kierunku poszedł Przywilej Ottona (Privilegium Ottonianum), przedłożony przez Ottona I na synodzie 13 lutego 962: papież ma być wybierany zgodnie z prawem kanonicznym i przed konsekracją składać cesarzowi przysięgę wierności.

Ważnym rozdziałem w historii wyborów papieża był dekret Mikołaja II w kwietniu 1059 na synodzie w Lateranie: kardynałowie-biskupi decydują wstępnie o wyborze papieża, swą propozycję przedstawiają pozostałym kardynałom-prezbiterom, dla duchowieństwa i ludu Rzymu rezerwuje się prawo do wyrażania zgody. Wprawdzie w tym dokumencie wymienia się króla niemieckiego, aczkolwiek następuje tu ważna zmiana: od czasów Henryka III w sposób niekwestionowany wysuwał kandydaturę papieża cesarz niemiecki; odtąd praktykę tę zastąpiono wyborem papieża przez kardynałów, przy zachowaniu całego należnego szacunku wobec króla niemieckiego. Dekretu tego nie respektowano jednak już podczas drugiego z kolei wyboru papieża: wszak Grzegorz VI został w 1073 papieżem dlatego, że w czasie pogrzebu Aleksandra II w bazylice Laterańskiej lud wołał: „Papieżem ma być Hildebrand!” Tak więc 22 kwietnia 1073 doszło do jednomyślnej proklamacji.

To, że odparto wpływ króla niemieckiego i wybory papieża powierzono wyłącznie kolegium kardynalskiemu, było pomysłem dobrym, lecz w rzeczywistości przysporzyło Kościołowi wiele trudności: często zbyt długo trwała - sediswakancja, ponieważ kardynałowie nie mogli uzgodnić jednej kandydatury; dochodziło też do wyboru dwu papieży, co wreszcie skończyło się tzw. wielką schizmą zachodnią. Taka sytuacja zaistniała m.in. w 1241, po śmierci Grzegorza IX: ponieważ kardynałów (a było ich naonczas dwunastu, z tego dwu znajdowało się w niewoli cesarskiej) nie było stać na uzgodnienie większości dwu trzecich głosów, dla lepszego przemyślenia wyboru odizolowano ich w południowo-zachodnim skrzydle Palatynu. Tak doszło do pierwszego konklawe w dziejach Kościoła. (Ale i to nie doprowadziło do szybkiej ugody; rozłam był zbyt głęboki).

Sobór Powszechny w Lyonie w 1274 wydał konstytucję „Ubi periculum”, która na nowo regulowała prawo wybierania papieża: kardynałowie przebywający w Kurii mieli po śmierci papieża czekać nie dłużej niż dziesięć dni na pozostałych kardynałów. Po tym terminie winni byli zamieszkać w budynku odizolowanym od świata zewnętrznego aż do wyboru papieża. Wszelki kontakt ze światem zewnętrznym był zakazany. Gdyby wybór się przedłużał, warunki życia kardynałów miały być coraz skromniejsze, a w dodatku podczas sediswakancji mieli być pozbawieni dochodów. Egzekutorem zarządzenia miało być miasto, w którym odbywał się wybór.

Te przepisy w sprawie wyboru papieża w zasadniczych punktach obowiązują do dziś.

W 1276 Hadrian V unieważnił dekret o wyborze papieża wydany przez Grzegorza X z uwagi na „liczne, trudne do przyjęcia ustalenia”. W efekcie kardynałowie dopiero w cztery tygodnie po śmierci Hadriana V zebrali się na konklawe, podczas którego na papieża wybrany został Jan XXI. Dekret Grzegorza X w sprawie wyboru papieża wraz z surowym regulaminem obowiązującym na konklawe przywrócił w 1294 - pod naciskiem króla Karola II z Anjou - papież Celestyn V.

W roku 1433 na - Soborze Powszechnym Bazylejskim uchwalono nowy regulamin wyboru papieża, który jednak nigdy nie wszedł w życie. 13 stycznia 1504 roku Juliusz II wydał dekret o zakazie świętokupstwa (symonii) przy wyborze papieża; w okresie średniowiecza wpływ symonii na życie Kościoła był bowiem ogromny.

Pewną reformę regulaminu wyboru papieża przeprowadził też Grzegorz XV, który bullą z 15 listopada 1621 roku wprowadził regułę tajnych wyborów za pomocą kartek do głosowania. W duchu ustaleń Grzegorza X regulamin wyborczy odnowił Paweł VI (1975), a po nim Jan Paweł II (konstytucja apostolska „Universi Dominici gregis” z 22 lutego 1996): konklawe winno się rozpocząć najwcześniej piętnastego, a najpóźniej dwudziestego dnia po śmierci papieża. Upoważnieni do wyboru są wszyscy kardynałowie, którzy nie ukończyli osiemdziesiątego roku życia (maksymalna liczba elektorów nie powinna jednak przekroczyć 120); każdy uczestnik musi pod przysięgą zobowiązać się do zachowania pełnej tajemnicy o konklawe. (Obowiązuje też zakaz korzystania z wszelkich aparatów nadawczych i odbiorczych, a także kamer filmowych, magnetofonów itp.).

Konklawe odbywa się w Kaplicy Sykstyńskiej, a kardynałowie-elektorzy będą mieszkać w wybudowanym na terenie Watykanu tzw. Domu Świętej Marty, a nie - jak dotąd - w doraźnie przygotowanych pomieszczeniach Pałacu Apostolskiego.

Wybór papieża odbywa się przez głosowanie za pomocą kartek: wymagana jest większość dwu trzecich, a w przypadku, gdyby liczba obecnych kardynałów nie mogła być podzielona na trzy równe części, do ważności wyboru jest wymagany jeden głos więcej. Jeżeli w ciągu trzech pierwszych dni nie osiągnie się żadnego wyniku, wybory zostaną zawieszone maksymalnie na jeden dzień (przerwa na modlitwę i swobodną rozmowę między głosującymi); to samo należy powtórzyć po kolejnych siedmiu turach głosowania, jeśli nie nastąpi wybór.

Następnie przystępuje się do kolejnej serii głosowań, po której - jeśli nie nastąpi rozstrzygnięcie - następuje kolejna przerwa na modlitwę i nowa seria głosowań.

Wreszcie kardynałowie gremialnie mogą zdecydować o dalszym sposobie działania: możliwa jest zgoda co do tego, by wyboru papieża dokonano absolutną większością głosów lub by wybór przeprowadzono między dwoma kandydatami, którzy w głosowaniu bezpośrednio poprzedzającym otrzymali największą liczbę głosów.

Po każdej turze wyborów palone są karty do głosowania (zgodnie z tradycją, dla ludzi zgromadzonych na placu św. Piotra znakiem wyboru papieża jest biały dym nad Kaplicą Sykstyńską. Jeśli głosowanie nie dało pozytywnych rezultatów, to do palonych kartek dodaje się wilgotne wióry - wtedy dym jest czarny).

Wskutek krótkotrwałości niektórych pontyfikatów czasami jednego roku wybierano papieży dwukrotnie: