Tutaj cesarz Karol IV w 1348 r. podpisał dokumenty założycielskie praskiego Uniwersytetu, który nosi obecnie jego imię. Salę wypełnili przedstawiciele elit akademickich ze wszystkich czeskich uczelni. Poprzedzony uroczystą fanfarą Benedykt XVI przyszedł na spotkanie w towarzystwie prezydenta Klausa. Powitał go przedstawiciel studentów Jaroslav Lormann. Zaskoczył chyba wieku, gdyż łamiąc konwenanse dyplomatyczne przemówił po niemiecku, co papież przyjął z wyraźnym zaciekawieniem i zadowoleniem. Następnie głos zabrał rektor Uniwersytetu Karola, wybitny katolicki intelektualista prof. Vaclav Hampel.

W obszernym, błyskotliwym przemówieniu wskazał nie tylko na wyjątkową symbolikę miejsca tego spotkania, ale także postawił znaczącą diagnozę współczesnych elit intelektualnych. Wyraził ubolewanie z powodu nieobecności debat poświęconych wartościom i tożsamości europejskiej. Odpowiedzialnością za czysto technokratyczne podejście do nauki obarczył elity polityczne. W tym kontekście wskazał na szczególne nauczania papieskiego, wiążącego współczesność z podstawami kultury i cywilizacji chrześcijańskiej.

Po odśpiewaniu przez chór uniwersytecki modlitwy "Ojcze nasz" i kilku pieśni głos zabrał Ojciec Święty. Zaraz na wstępie zwrócił uwagę na swój status akademicki podkreślając, że mówi do zebranych „były profesor, troszczący się o prawo do wolności akademickiej oraz do odpowiedzialności za autentyczne korzystanie z rozumu, który jest obecnie papieżem i pełniąc swą rolę pasterza uznawany jest za autorytatywny głos w etycznej refleksji ludzkości”. W centrum tego intelektualnie wyrafinowanego przemówienia była kwestia jedności między procesem gromadzenia i przetwarzania wiedzy oraz formacją ludzkiego ducha.

„Kiedy wielkie uniwersytety, które w średniowieczu powstawały w całej Europie, dążyły z ufnością do ideału syntezy wszelkiej wiedzy, zawsze służyło to autentycznej humanitas, doskonałości poszczególnej osoby w obrębie jedności dobrze uporządkowanego społeczeństwa” - podkreślał. Z tego wyciągał wniosek, że istotą pełnych relacji między wiarą a rozumem jest kontemplacja prawdy. „Ta ufność w zdolność ludzkiego rozumu do poszukiwania prawdy, do jej odnalezienia i życia wedle niej doprowadziła do utworzenia wielki uniwersytetów europejskich. Z pewnością musimy to dziś potwierdzić, aby światu intelektualnemu dać odwagę niezbędną do rozwoju przyszłości autentycznego dobrobytu, przyszłości prawdziwie godnej człowieka” zakończył Benedykt XVI, nagrodzony wielką owacją zebranych. Opuszczał zgromadzenie przy dźwiękach tradycyjnego hymnu akademickiego „Gaudeamus”, zmęczony, ale wyraźnie zadowolony z ostatniego spotkania w drugim dniu pielgrzymki do Republiki Czeskiej.