Papież weźmie udział w nieco spóźnionej inauguracji roku akademickiego, nie zabierze jednak głosu podczas głównej uroczystości, na którą przybędzie po odwiedzeniu odrestaurowanej właśnie uniwersyteckiej kaplicy. Nawet tak pomniejszona ranga wizyty Benedykta XVI nie przestaje budzić sprzeciwu części wykładowców i studentów.

Profesorowie wydziałów nauk ścisłych wystosowali do rektora uczelni oficjalny protest przeciwko wizycie papieża, którą uważają za co najmniej nie stosowną. Ich zdaniem w przeszłości kardynał Joseph Ratzinger dawał wielokrotnie wyraz braku szacunku dla osiągnięć nauki, co potwierdził również w encyklice „Spe salvi”. Do protestów przyłączyły się także grupy skrajnie lewicowej młodzieży, kontestującej w ogóle obecność papieża na rzymskiej uczelni i zapowiadające szereg inicjatyw o wyraźnym charakterze antyklerykalnym, jak np. prowokacyjna parada gejowska czy projekt dosłownego zagłuszania papieskiego przemówienia przez ustawione pod budynkiem uniwersytetu megafony.

Nie brak profesorów, którzy twierdzą, że zaproszenie Benedykta XVI jest elementem walki obecnego rektora o przeżycie (jest on oskarżony o ułatwienie kariery dydaktycznej swojej córki). Wszystkim kontestatorom na łamach „Corriere della Sera” odpowiada dziś zastępca naczelnego redaktora tego największego włoskiego dziennika Pierluigi Battista, przypominając, że starania o to, aby do papieskiej wizyty nie doszło są przejawem zwykłej cenzury i nie mają nic wspólnego z ideą wolności słowa i przekonań, w imię której bronią oni rzekomej autonomii nauki przed atakami ze strony Kościoła. „Ciekawe, co by się działo, gdyby neofaszyści usiłowali nie dopuścić do występu na największym rzymskim uniwersytecie państwowym np. Dario Fo” - zastanawia się autor komentarza i dodaje „Czy też można by wtedy mówić o «prawie do polemiki», na jakie powołują się przeciwnicy wizyty Benedykta XVI?”

W niedzielnym wywiadzie dla dziennika "La Repubblica" prefekt Kongregacji Wychowania Katolickiego, kard. Zenon Grocholewski nazwał protesty kilkudziesięciu profesorów oraz studentów uniwersytetu przeciwko wizycie Benedykta XVI "obskurantyzmem" i czymś niezrozumiałym. Watykański hierarcha przypomniał, że dotychczas żadna uczelnia nie powiedziała nigdy "nie" papieżowi.