Rano Ojciec Święty udał się z nuncjatury apostolskiej na lotnisko wojskowe Villamor Air Base, skąd samolotem linii Philippine Airlines udał się do Tacloban, na wyspie Leyte. Właśnie tam największe straty wyrządził w listopadzie 2013 roku tajfun Yolanda. Był to najsilniejszy w historii meteorologii cyklon, jaki kiedykolwiek uderzył w ląd. Średnia prędkość wiatru wynosiła ponad 300 km na godzinę przy bardzo niskim ciśnieniu (poniżej 900 hektopaskali). Spowodowany wiatrem przypływ sztormowy wdzierał się na ląd niszcząc wszystko, co napotkał na drodze. Miasto Tacloban zostało zniszczone w 80 procentach. Na lotnisku papieża powitał miejscowy ordynariusz, abp John F. Du z Palo, a także przedstawiciele władz. Franciszek papamobilem przejechał do zakrystii, zaś o godzinie 9.15 czasu lokalnego (2.15 czasu polskiego) rozpoczęła się w ulewnym deszczu Msza św. z udziałem około 500 tys. wiernych. Sprawowano ją po angielsku, z czytaniami i modlitwami w miejscowym języku binisaya. 

W improwizowanej homilii papież wskazał, że Jezus jest zdolny współczuć naszym słabościom,i sam w swojej męce wziął na siebie wszystkie nasze cierpienia. Wyznał, że obserwując cierpienia tutejszych mieszkańców przed czternastoma miesiącami postanowił, iż przybędzie na to miejsce. Wyraził zrozumienie dla osób, którzy utracili swych bliskich, majątek, zdrowie, zapewniając, że ukrzyżowany Jezus nigdy nie zawodzi, może płakać wraz z nami, może nam towarzyszyć w najtrudniejszych chwilach życia. Wskazał też na obecność od krzyżem Matki Jezusa, która jest też naszą matką. Zachęcił, by spojrzeć na Nią i „jak małe dziecko, uchwyćmy się Jej płaszcza, całym sercem mówiąc Jej: Mamo! Wypowiedzmy tę modlitwę w milczeniu, powiedzmy Matce, co odczuwamy w sercu” - powiedział Franciszek. Ojciec Święty dodał, że w chwili katastrofy nie zabrakło osób spieszących z pomocą. Jako bracia i siostry podążajmy razem w Chrystusie – zachęcił papież. 

Pełny tekst papieskiej homilii: Chrystus na krzyżu nie zawodzi

W modlitwie wiernych proszono, za Ojca Świętego, aby zawsze napełniony był Jezusowym zapałem i gorliwością, będąc wzorem Bożego miłosierdzia i współczucia w posłudze ogarniającej wszystkich, a zwłaszcza ubogich, zepchniętych na margines i upośledzonych. Następnie polecono przywódców politycznych, aby całym sercem uczyli się prawdziwego znaczenia miłosierdzia i współczucia, przekładając je na sposób pełnienia swych obowiązków. Pamiętano też o ludziach, których serca zatrute są doktryną przemocy, zemsty, wojny oraz przedstawiających propozycje wymierzone w poszanowanie życia ludzkiego, aby ich serca zostały oczyszczone w źródle współczucia, jakie okazuje nam Jezus. Modlono się za osoby znajdujące się w trudnej sytuacji, aby zostały otoczone solidarnością i troską. Proszono za pogrążonych w smutku i żałobie po stracie swoich bliskich w trzęsieniach ziemi oraz tajfunie Yolanda, aby ich serca znalazły pocieszenie w świadomości, że są miłowani przez Boga i otoczeni troską braci i sióstr w wierze. Ostatnią intencję wzniesiono za osoby, które zginęły w trzęsieniu ziemi na wyspie Bohol i tajfunie Yolanda, by zostali przyjęci do Królestwa Bożego. 

Po Komunii Świętej Franciszek wypowiedział dziękczynienie Bogu, który nigdy nie zostawia człowieka samego, także w najtrudniejszych chwilach: 

„Celebrowaliśmy właśnie mękę, śmierć i zmartwychwstanie Jezusa Chrystusa. Jezus uprzedził nas na tej drodze i towarzyszy nam, za każdym razem, kiedy gromadzimy się na modlitwie i celebracji. Dzięki Ci Panie, za to, że byłeś dziś z nami. Dziękujemy Ci Panie, że dzieliłeś nasze cierpienia. Dziękujemy Ci Panie, że dałeś nam tą możliwość. Dziękujemy Ci Panie, za Twoje wielkie miłosierdzie. Dziękujemy Ci Panie, że zechciałeś być jednym z nas. Dziękujemy Ci Panie, bo zawsze jesteś blisko nas, także w chwilach krzyża. Dziękujemy Ci Panie, że dałeś nam nadzieję. Spraw Panie, aby nigdy nie okradziono nas z nadziei. Dziękujemy Ci Panie, że w najciemniejszych chwilach Twego życia na krzyżu, pamiętałeś o nas i dałeś nam Matkę, Twoją Matkę. Dziękujemy Ci Panie, że nie zostawiłeś nas sierotami”. 

Przed błogosławieństwem słowa pozdrowienia skierował do papieża arcybiskup Palo, John F. Du. Przypomniał, że przed czternastoma miesiącami w miejscu, gdzie dziś sprawowana była Eucharystia było siedem metrów wody. Obecnie zostało ono całkowicie przekształcone i jest to okazją do radosnego dziękczynienia Bogu. Przypomniał, że ludzkie cierpienia przekraczają naszą wyobraźnię, ale pośród cierpień pomagała wiara. Wyraził wdzięczność za pomoc, która napłynęła z całego świata. Podkreślił, że papieska wizyta jest dla tamtejszego Kościoła umocnieniem i pocieszeniem. Zapewnił o wdzięczności Ojcu Świętemu za to, że przybliżył tamtejszych chrześcijan do Chrystusa, Dobrego Pasterza.

Po udzieleniu błogosławieństwa na zakończenie liturgii Ojciec Święty przejechał papamobilem wśród zgromadzonych wiernych, a następnie udał się do domu arcybiskupów w Palo. Tam zjadł obiad z 30 członkami rodzin ofiar tajfunu i z klerykami.

Mimo skrócenia programu pobytu na wyspie Leyte w środkowych Filipinach, ze względu na gwałtowne pogorszenie się pogody, papież zdążył krótko odwiedzić 17 stycznia katedrę pw. Przemienienia Pańskiego w Palo w pobliżu Taclobanu. Według ustalonego wcześniej programu miał się tam spotkać o godz. 15.30 czasu miejscowego z duchowieństwem, osobami zakonnymi, seminarzystami i przedstawicielami osób, które przeżyły niszczycielski tajfun Yolanda z listopada 2013 i wygłosić do nich przemówienie.

Po przybyciu do katedry Ojciec Święty, owacyjnie witany przez zebranych, podziękował za przyjęcie, po czym dodał, że obok towarzyszącego mu metropolity Manili kard. Luisa Tagle jest jeszcze sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej kard. Pietro Parolin, który właśnie dzisiaj obchodzi swe 60. urodziny. Na propozycję papieża, aby coś zaśpiewać solenizantowi, zgromadzeni odśpiewali mu po angielsku "Happy birthday to you, don Pietro", z co podziękował Franciszek.

Następnie przekazał obecnym po włosku i hiszpańsku wiadomość, która - jak zapewnił - nie sprawia mu przyjemności: "Muszę powiedzieć wam coś, co mnie zasmuca. Chodzi o to, że planowany był odlot samolotu do Manili o godz. 17. Ale oto zbliża się tajfun drugiego stopnia i piloci samolotu powiedzieli nam, że musimy odlecieć stąd już o 13. Mamy jedynie czas, żeby dojechać do lotniska, ponieważ prognozy mówią, że pogoda się pogorszy. Proszę więc was o wybaczenie. Jest mi bardzo przykro z tego powodu, gdyż przygotowałem kilka rzeczy, które chciałem wam przekazać. Ale złóżmy to wszystko w ręce Maryi Panny, gdyż wołają mnie, abym już poszedł. Wiecie, o co chodzi? Samolot nie może tu lądować - to jest problem".

Papież wezwał wszystkich o wspólnego odmówienia Pozdrowienia Anielskiego i jako pierwszy zaczął się modlić po włosku, a następnie udzielił zgromadzonym błogosławieństwa apostolskiego, po czym opuścił świątynię.

Dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej ks. Federico Lombardi SI oświadczył, że w drodze na lotnisko w Palo Franciszek odwiedził jeszcze rodzinę rybacką, a wizyta ta trwała dziesięć minut.

Pogorszenie się pogody sprawiło, że papież nie mógł już kontynuować programu pobytu na wyspie Leyte. Miał jeszcze poświęcić Ośrodek dla Ubogich im. Papieża Franciszka, prowadzony przez koreańską wspólnotę charyzmatyczną oraz odwiedzić katedrę w Palo, gdzie zaplanowano jego spotkanie z kapłanami, osobami zakonnymi, seminarzystami i rodzinami ofiar.

Silny wiatr i padający deszcz w rejonie sprawowania Mszy św. spowodowały kilka nieszczęśliwych wypadków. Rzecznik archidiecezji Palo oświadczył, że zawaliła się część stalowego rusztowania wokół ołtarza, a spadająca belka uderzyła 21-letnią wolontariuszkę, zabijając ją na miejscu. Ponadto samolot, na którego pokładzie znajdował się m.in. minister komunikacji Filipin Herminio Coloma, zaraz po starcie przechylił się, wskutek podmuchu wiatru i pęknięcia opony i musiał przymusowo lądować na trawie.