Niedawno hamburski tygodnik „Die Zeit” określił abp. Müllera jako „najtwardszego przeciwnika” papieża Franciszka. Przytoczył opinię teologa i krytyka Kościoła, Hansa Künga, że papież senior Benedykt XVI pełnił swój urząd papieski dzięki wsparciu abp. Müllera.

- Trochę mnie to cieszy, że z czystej opozycji do mojej skromnej osoby, z zagorzałego przeciwnika Küng stał się teraz gorliwym zwolennikiem papieża - stwierdził ironicznie abp Müller. Przyznał, że jest dla niego przyjemnością „widzieć, jak Hans Küng w podeszłych już latach okazuje zachwyt następcą św. Piotra”. Jednocześnie prefekt Kongregacji Nauki Wiary zapewnił, że papież ze swojej strony „ma stosunek braterski i przyjacielski do wszystkich swoich najbliższych współpracowników”.

W wywiadzie dla „Passauer Neue Presse” abp Müller skorzystał z okazji, by zaakcentować swoje stanowisko w debacie na temat stosunku Kościoła do osób rozwiedzionych, które wstąpiły w ponowne związki. Wyjaśnił, że w artykule opublikowanym na łamach watykańskiego dziennika „L’Osservatore Romano” nie mówił o „zakończeniu dyskusji w tej sprawie, lecz o jej zasadach w nauce Chrystusa oraz Kościoła”, a te „nie podlegają plebiscytowi” . Odpowiedzialne duszpasterstwo opiera się zawsze na zdrowej nauce i nastawia się na nią - podkreślił abp Müller.