Podczas dyskusji Zespołów Roboczych Rządowej i Kościelnej Komisji Konkordatowych na temat przekształcenia Funduszu Kościelnego w dobrowolny odpis podatkowy wyszła ważna kwestia finansowa. Jako punkt wyjścia wszystkich rozwiązań, strona rządowa przyjmuje kwotę 94 mln zł jaka obecnie jest zapisana w ustawie budżetowej na Fundusz Kościelny.  Większość z tej kwoty przekazywana jest natychmiast do ZUS, na pokrycie ubezpieczeń społecznych i zdrowotnych osób duchowny.

Tym którzy zapytają, dlaczego państwo ma pokrywać ubezpieczenia duchownym, skoro my swoje składki musimy opłacać sami, przypomnę że Fundusz Kościelny nie jest aktem darowizny, ale rekompensatą za mienie zrabowane Kościołowi przez komunistyczne państwo w czasach PRL. Do 1989 r. Kościół katolicki z Funduszu nie otrzymywał praktycznie żadnych środków.  W III RP środki tam gromadzone wspierają system ubezpieczeń społecznych i zdrowotnych części duchowieństwa, głównie kleryków, zakonników i zakonnic oraz księży pracujących na misjach. Pozostali, składki opłacają sobie sami.

Problem w tym, że – to wiedza uzyskana przeze mnie od rzecznika Zakładu Ubezpieczeń Społecznych – ZUS otrzymuje na ten cel nie kwotę 94 mln zł, jak stanowi budżet Funduszu Kościelnego, ale nieco ponad 108 mln zł.  Tyle bowiem potrzeba, aby opłacić składki 23 900 osób duchownych z wszystkich Kościołów oraz związków wyznaniowych działających w Polsce. Brakująca w kasie Funduszu kwota 14 mln zł pokrywana jest z rezerwy budżetowej państwa. O tym, że Fundusz Kościelny jest niedoszacowany, wiadomo od wielu lat. Z raportu sporządzonego niedawno przez ks. prof. Dariusza Walencika z Uniwersytetu Opolskiego wynika, że coroczna dotacja na Fundusz winna wynosić około 169 mln zł, a nie 94 mln zł, jak jest obecnie. Ta kwestia ma istotne znaczenie w rozmowach o zastąpienia Funduszu Kościelnego dobrowolnym odpisem podatkowym.  Podczas ostatniego spotkania potwierdzony bowiem został uzgodniony wcześniej okres przejściowy 3 lat. Oznacza to, że  gdyby kwota zebrana w ramach dobrowolnego odpisu podatkowego była mniejsza, aniżeli wynosi dotacja dla Funduszu Kościelnego,  państwo w przeciągu 3 lat pokrywałoby różnicę.

Powstaje jednak pytanie, jakiej wysokości jest kwota gwarantowana? 94 mln zł, jak wynosi obecnie dotacja budżetowa dla Funduszu, czy 108 mln zł, ile rzeczywiście ZUS wydatkuje na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne osób duchownych.  Bez wyjaśnienia tej kwestii, podpisywanie jakichkolwiek ustaleń w sprawie likwidacji Funduszu Kościelnego przez stronę kościelną byłoby ryzykowne. Łatwo mogłoby się bowiem okazać, że nie dość, iż Kościół został w przeszłości obrabowany, to obecnie będzie jeszcze musiał do tego rabunku systematycznie dopłacać.