15 lutego 1982 r. ówczesny kardynał złożył rezygnację z kierowania archidiecezją monachijską, by objąć stanowisko prefekta Kongregacji Nauki Wiary, na które mianował go już 25 listopada 1981 r. Jan Paweł II. Błogosławiony Papież darzył swego przyszłego następcę wielkim zaufaniem i przyjaźnią.