Biskupi byli przeciwni jego kandydowaniu po raz trzeci na to stanowisko i zbojkotowali inaugurację prezydentury. Krytykują także centralizowanie władzy przez rządzących sandinistów oraz stosowanie przez nich ideologii nawiązującej do teologii wyzwolenia. Istnieją ponadto obawy przed nawrotem wojny domowej, choć czynniki oficjalne zaprzeczają obecności zbrojnych grup w pobliżu granicy z Hondurasem. To wszystko sprawiło, że oficjalny dialog na linii Kościół-państwo praktycznie ustał. Obecnie, jak poinformował przewodniczący nikaraguańskiego episkopatu, bp Jorge Solórzano, podjęto pośrednie kroki dla ponownego nawiązania kontaktów z rządem.