Pod koniec Mszy wygłosił w języku łacińskim swe pierwsze orędzie. Nakreślił w nim główne linie programu, który pragnie realizować w czasie swojego pontyfikatu. Poruszył też główne problemy Kościoła i świata.
Po złożeniu hołdu swym wielkim poprzednikom na Stolicy Świętej, Ojciec św. Jan Paweł II podkreślił konieczność dochowania wierności postanowieniom Soboru Watykańskiego II, gdyż
- jak zaznaczył – realizacja doniosłych wskazań i uchwał Soboru nie może być uznana za zakończoną. Papież wymienił tutaj różne dziedziny życia Kościoła od misyjnej po ekumeniczną, od dyscyplinarnej po organizacyjną. Szczególny nacisk położył na kolegialność biskupów, na świadome przylgnięcie do nauczania Piotrowego, poszanowanie norm liturgicznych, rozwój ekumenizmu oraz czynny i skuteczny wkład Kościoła w budowanie trwałego pokoju w świecie i międzynarodowej sprawiedliwości. Specjalną uwagę poświęcił udręczonej ziemi libańskiej i wszystkim uciskanym.
Po tym ogólnym przeglądzie, warto przypomnieć najważniejsze momenty przemówienia Papieża. „Trzeba, umiłowani bracia i synowie Świata katolickiego, wziąć ponownie do ręki Magna Charta wyniku obrad soborowych, jaką jest Konstytucja dogmatyczna o Kościele – Lumen gentium, by głębiej zastanowić się nad naturą oraz nad sposobem istnienia i działania Kościoła. To konieczność nie tylko dlatego, by coraz lepiej realizować życiową jedność wszystkich wierzących w Chrystusa i pokładających w Nim nadzieję, ale również dla realizowania coraz szerszej i ściślejszej jedności całej rodziny ludzkiej".
Z ogromnym naciskiem mówił Papież o kolegialności w Kościele, czyli więzi łączącej biskupów z papieżem oraz biskupów między sobą, wskazał na konieczność unowocześnienia istniejących organów Kościoła i powołania nowych. W tym miejscu wymienił Synod Biskupów, wyrażając uznanie dla wkładu, jaki ten organ wniósł dotychczas w wewnętrzne życie Kościoła. Jan Paweł II skomentował także specjalną misję papieża: „Powołani do najwyższej odpowiedzialności w Kościele jesteśmy z racji naszego stanowiska zobowiązani przede wszystkim do myślenia i działania, które byłoby przykładem dla całego Kościoła. Dlatego musimy zachować ze swej strony wierność poleceniom Chrystusa, który Szymonowi nazwanemu opoką Kościoła powierzył klucze do Królestwa Niebieskiego oraz nakazał umacniać braci i jako pasterz, w dowód miłości do Niego, prowadzić baranki i owieczki Jego trzody".
Nowy Papież podkreśla pilną potrzebę dochowania wierności soborowi na polu reformy liturgii i jej obrony przed niekontrolowanymi innowacjami, jak też upartym odrzucaniem wszystkiego, co zostało przewidziane dla świętych obrzędów.
Mówiąc następnie o konieczności zachowania wierności „nienaruszonemu depozytowi wiary" i przestrzegania wielkiej dyscypliny w Kościele, Jan Paweł II stwierdził, że Kościół powinien zdecydowanie kroczyć drogą ekumenizmu, czyli działalności na rzecz pełnej jedności i wspólnoty wszystkich chrześcijan z innych Kościołów i wyznań.

Poruszając problemy współczesnego świata, Jan Paweł II oświadczył, że zadaniem Kościoła jest „niesienie konkretnego wkładu w sprawy pokoju i sprawiedliwości w Świecie, a nie zaś jakiekolwiek interwencje w sprawy polityczne ani też udział w kierowaniu sprawami doczesnymi. Kościół kieruje się wyłącznie motywacjami religijnymi i moralnymi. Zamierzamy – dodał – działać na rzecz umocnienia duchowych podstaw, na których powinna opierać się społeczność ludzka. Obowiązek ten wydaje nam się bardzo naglący, gdyż obecnie jest tyle nierówności i nieporozumień, które stają się przyczyną napięć i konfliktów w wielu stronach świata, a które mogą doprowadzić do przeogromnej katastrofy. Problemom tym towarzyszyć więc będzie nasza nieustanna troska oraz natychmiastowa, bezinteresowna, inspirowana przez Ewangelię działalność".
Papież wyraził życzenie, aby społeczeństwo Libanu mogło odzyskać pokój i wolność a także zadeklarował solidarność ze wszystkimi ludźmi, którzy są uciskani, cierpią niesprawiedliwość, dyskryminację na płaszczyźnie społecznej, politycznej lub religijnej. „Powinniśmy dążyć wszystkimi siłami – mówił Jan Paweł II – aby wszystkie formy niesprawiedliwości, które przejawiają się w naszych czasach, zostały poddane wspólnym rozważaniom w celu znalezienia środków zaradczych tak, aby wszyscy mogli prowadzić życie godne człowieka".
Na zakończenie Ojciec św. przekazał wyrazy gorących uczuć dla swej ziemi rodzinnej – Polski, dla jej obywateli, a w szczególności duchowieństwa i wiernych Kościoła krakowskiego. „Są to pozdrowienia – mówił – w których wspomnienia, uczucia, nostalgia i nadzieja łączą się nierozerwalnie". Następnie Jan Paweł II udzielił apostolskiego błogosławieństwa Urbi et Orbi.