„Kamienna trumna Biedaczyny z Asyżu leży jakby w żywej skale, którą dookoła wybrano tworząc wielką kryptę. Pielgrzym może dojść bardzo blisko relikwii św. Franciszka” – mówi o. Parol, który oprowadza po bazylice polskich pielgrzymów. Franciszkanin przypomina, że ostatnie „recognitio” czyli otwieranie trumny miało miejsce w styczniu 1978 r., jeszcze za pontyfikatu Pawła VI. Wtedy relikwie zostały zbadane i odpowiednio zabezpieczone.

Obecnie przechowywane są one w trzech trumnach: zewnętrzna jest kamienna, druga metalowa, a ostatnia plastikowa. Grób otoczony jest wysoką, żelazną kratą. Krypta wyłożona kamieniem asyskim, jest w stylu katakumbowym. Po jej bokach wzniesiono upamiętniono pierwszych towarzyszy św. Franciszka m.in. brata Leona, który był spowiednikiem i ojcem duchownym Biedaczyny z Asyżu.

Po modlitwie przy grobie św. Franiciszka Benedykt XVI przeszedł do zakonnego refektarza na obiad ze wspólnotą Braci Mniejszych. Uczestniczyli w nim m.in. przybyły na papieską Mszę premier Włoch Romano Prodi oraz kard. Attilo Nicora, watykański delegat ds. bazylik w Asyżu. W popołudniowy program wizyty wpisano spotkanie z niemieckimi siostrami klaryskami kapucynkami. Następnie, w górnym kościele bazyliki św. Franciszka, rozpoczęło się spotkanie z uczestnikami trwającej w Asyżu kapituły generalnej franciszkanów konwentualnych.