Projekt nowelizacji odnosi się głównie do Ustawy z dnia 20 marca 1950 r. o przejęciu przez Państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego oraz do ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania.

W założeniach projektu podkreśla się, że Kościół katolicki w Polsce „niejednokrotnie podnosił, np. w trakcie posiedzeń Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i Konferencji Episkopatu Polski, że Fundusz Kościelny w jego obecnym kształcie jest instytucją archaiczną, co widoczne jest w kontekście rozwiązań przyjętych w innych państwach UE, zwłaszcza tych, w których realizowany jest podobny system relacji państwo – kościół oraz że ewentualna likwidacja Funduszu Kościelnego powinna łączyć się z ustanowieniem adekwatnych mechanizmów finansowania działalności kościołów i innych związków wyznaniowych”.

Projekt przewiduje zamianę dotychczasowego Funduszu Kościelnego „na bardziej nowoczesne sposoby finansowania różnych form działalności Kościołów”.

Jak poinformował KAI Artur Koziołek, rzecznik prasowy MAiC, "w Ministerstwie Administracji i Cyfryzacji rozpatrywane są różne modele finansowania kościołów i innych związków wyznaniowych". - Brane są pod uwagę rozwiązania krajów UE. Do chwili obecnej nie przeprowadzano żadnych analiz dotyczących nakładów finansowych - dodał.

Za prace w tym zakresie odpowiedzialny jest Włodzimierz Karpiński, sekretarz stanu w ministerstwie administracji i cyfryzacji. Jak wynika z założeń rządowych, mają one zostać zrealizowane już w pierwszym kwartale br.

Fundusz Kościelny został powołany na mocy ustawy z 1950 r. o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki. Miała być to forma rekompensaty dla Kościołów za przejęte przez państwo nieruchomości ziemskie. Nigdy jednak wartość tych dóbr nie została oszacowana, a wysokość środków Funduszu zależała od decyzji politycznych. W 2011 r. na fundusz przekazano 89 mln zł, czyli 0,03 proc. budżetu państwa.